与反应堆配套的草帘管理措施
根据科学研究和生产实践，化肥会造成土壤板结，盐离子浓度升高，使疫苗、菌种失活；冲施肥会造成浇水增多，地下缺氧，地上湿度大，使病害蔓延；叶面肥容易造成植物叶片畸形，吸收CO2的气孔，不能正常开闭，叶片主、被动吸收能力下降，直接影响白天叶片光合作用和夜间叶中有机物运输。前面已经多次提到应用稻草生物反应堆不施化肥的原因和依据。观念问题不解决，稻草生物反应堆技术就很难应用到位，就会加大农民的投资成本，减小增产幅度。
使用菌种、饼肥、麦麸、草粉
应用稻草生物反应堆技术，将投入田间管理的冲施肥、叶面肥资金，改成购买菌种、饼肥（棉子饼、菜子饼、豆饼等）、麦麸（或谷糠、稻糠、棉子壳、玉米面）稻草粉等。每次追施量，按每亩菌种1～2千克，饼肥50千克，麦麸20千克，稻草粉200～400千克，将其混合拌匀，堆积12小时后追施，7天就有明显效果。
减少浇水次数
因为应用内置式反应堆的大棚或大田，有较强的保水供水能力，所以，定植或播种后的浇水次数比常规法减少2～3倍，在前期，老法浇两次水，反应堆浇1次水；在“数九”寒天，老法浇3次水，反应堆浇1次水；进入3～4月份后保持与前期相同，5月中旬以后与老法一样。
打孔
应用内置式稻草生物反应堆，打孔是增产最关键的措施。作物生长期内，内置式反应堆产生的CO2量越来越多，每月打孔1～2次，尤其是后期打孔更重要。打孔才能使CO2从地下冒出来，使氧气进入地下，前能增强光合作用，后能提高根系活力。作物表现：越长越旺，产量越来越高，大大提升内置式反应堆的效能，尤其像黄瓜一类根系再生能力弱的作物，效果更突出。
及时揭盖草帘
由于反应堆使地温、棚温较高，为防止徒长和延长光合作用时间，与常规栽培相比，揭帘要早，百米能看清人时就揭草帘。盖帘要晚，晴天下午棚温将至17～18℃，阴天将至15～16℃时盖帘。
通风排湿
冬天光弱，及时拉开放风口，降低湿度，增加透光度，增强光合作用，预防病虫害效果明显。应用反应堆大棚的放风口应比常规开口大，放风时间早。风口要比常规的大1/4～1/3；一般棚温28℃时开始放风，温度降至24～26℃时关风口。
保护功能叶
在农作物生长的中后期，正确去老叶，也是提高作物产量的主要措施。植物叶片分为功能叶和非功能叶两种，中下部叶片是功能叶，能制造营养，上部叶片是非功能叶，不能制造营养。如何使功能叶获得充足光照，延长其寿命，对不同品种去老叶方法也不同。黄瓜要保证最下一个瓜有6～7片叶；番茄、甜瓜、辣椒等要保证最下一个果实下有8片叶，多余叶片可打掉。每天打老叶只能在太阳出来后一个半小时进行，晚了再去老叶就会浪费光合产物。杜绝10:00以后至天黑去老叶，因为中午和下午打老叶会严重减产。就地用好老叶，在去老叶的头一天拌好菌种，第二天打老叶时随地刨坑，将老叶放入坑内，上面撒上菌种，盖土打孔即可，第三天CO2就会冒出。
适量增加留果、留穗
利用稻草生物反应堆技术，每天有机物合成的数量显著增加，可供更多果实储存，所以，应用该技术留果、留穗可比对照增加20%。
病虫防治
应用该技术头三年的大棚，提倡不用或少用农药，技术熟练后可以不用。一般掌握不见病、虫不打药。
阴雨天草帘管理
连续阴雨后揭草帘时不要一次全部揭开。人工揭帘要间隔进行，第一天隔二揭一，第二天揭一隔一，第三天才能全部揭开。用自动卷帘机，第一天揭1/3，第二天揭2/3，第三天全部揭开。
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