1、布局不合理且效率低

 世界集装箱运输的发展趋势是集装箱办理站向大型化、集中化、规模化、现代化发展，而我国目前集装箱办理站过多且效率低。全路实际办理集装箱业务的车站有1 600多个，部分办理站间的距离仅10余公里。大部分办理站规模小，设备陈旧，技术水平低，处于“散、乱、小”的局面。而且，办理站布局集中，必然会导致站与站之间争夺箱源，造成资源浪费。这样的状况下，不利于运输组织，由于货源、箱源分散，致使集结时间过长，难以组织班列运输，加大了集装箱周转时间，影响了运输效率，极不适应集装箱运输和现代物流发展的需要。
2、技术装备水平不高
     我国集装箱结构单一，特别是大型集装箱空缺，标准化水平较低，制约了我国铁路和其他运输方式开展多式联运，特别是国际多式联运。专用集装箱品种不够丰富，不能满足高质量、高附加值货物运输的需要。

装卸设备落后。目前，国内集装箱龙门吊多为90年代的产品，设备比较陈旧，性能无法满足现代化集装箱场站的装卸要求，适应性差，造成装卸效率低、箱损严重。

另外，集装箱专用平车保有量不足，这已成为制约集装箱运量快速增长的重要障碍。
3、管理信息系统不完善
     目前，我国铁路集装箱的信息管理手段还比较落后，现有的TMIS集装箱追踪系统和集装箱车站报告管理信息系统没有发挥应有的作用。大量的单证处理仍沿用传统的办法传递。另外，集装箱多式联运的协调信息网也未联通，全程服务较难，只有一小部分的集装箱适箱货源实现了“门到门”运输。

信息管理系统的落后，远远无法满足现代物流的要求。它一方面增加了铁路集装箱运输中对箱源掌握及过程监控的难度，对实现高效的、“门到门”的运输带来了一定的困难，使货主无法得到满意的服务；另一方面也在一定程度上，阻碍了铁路参与多式联运。
4、与其他运输方式不协调

 随着物流的发展，集装箱多式联运也得到了飞速发展，进入了国际多式联运时代。多式联运是一种在集装箱运输的基础上产生并发展起来的新型运输方式，它以集装箱为媒介，把海上运输、铁路运输、公路运输、航空运输和内河运输等单一方式运输有机结合成为一体，构成一个连续运输过程。多式联运与传统单一运输方式运输相比，减少了中间环节，提高了运输质量，减少了货损货差，降低了运输成本，从而提高了利润，且真正实现了合理运输。
    我国的多式联运与其它发达国家相比，发展相对落后，并且缓慢。各种运输方式之间缺乏统一的管理，自成体系，封闭式发展，缺乏配合与协作运作；另外基础设施薄弱，计算机网络化水平较低，信息交换不畅通，单证流转慢也成为发展多式联运的瓶颈。

5、服务质量水平低

铁路集装箱运输与其它运输方式比较，较低的服务水平是其货源流失的主要原因。货主的意见主要集中在四个方面：其一，无法预测货物运输时间；其二，运输时间长；其三，无法知道货物在运输途中的位置，因此无法知道货物何时到达。

我们反思，我们进步，在激烈的市场竞争中，为了争取到更多潜在的货源，铁路将从以上方面提高服务质量。为客户提供定时可靠的服务，让潜在的货源选择铁路运输。