① 避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养养分为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。

② 微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。

③微生物肥料应避免高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。

④微生物肥料不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。

⑤微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。

⑥微生物肥料应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。